24 декабря 2024

RU/EN

Рубрики Вестника

Поиск

Сентябрь 2016, № 9 (197)

УДК: 575.852:577.112:579.842.11:633.11Тропынина Т.С., Иванова Э.А., Вафина Г.Х., Иванов Р.С. ЛОКАЛИЗАЦИЯ АРГ-Х ПРОТЕАЗОЧУВСТВИТЕЛЬНЫХ ЗОН В БЛОКАХ «КИСЛЫХ» И «ГРАДИЕНТА ОСНОВНЫХ БЕЛКОВ» СУПРАСТРУКТУР ПОПУЛЯЦИИ КЛЕТОК ЖИЗНЕННОГО ЦИКЛА E. COLIВ настоящее время вопросы механизмов реализации биохимии генетической клеточной информации переходят в разряд рассмотрения супрамолекулярной химии, то есть «химии запрограммированных, несущих информацию, молекул». Как известно, прокариотический нуклеоид это центр управления развитием клетки. Именно во власти центра управления сосредоточены запрограммированные супрамолекулярные системы, ответственные за молекулярный и супрамолекулярный онто- и морфогенез жизнедеятельности клеток и их популяции. Одной из древних и быстро реагирующей на воздействия окружающей среды является система протео-процессинга. В этой связи наш интерес был сфокусирован на зоны локализации аргинина. По некоторым данным, только эта аминокислота обладает способностью узнавать любой гуанин и тимин и непосредственно связываться с ДНК. Эти данные необходимы для системного анализа генных сетей при регуляции сложных биопроцессов. Удобной моделью-образцом для этой цели было представление клетки в виде гетерополимерной: бактериоплазмы, непрочно и прочносвязанной с клеточным остатком (КО), и собственно КО; супраструктурной организации, где самым длинным и гибким полимером является ДНК, на которой нуклеоидная протеомика реализует подпрограммы развития при участии Арг-Х процессинга. Выявлено соотношение «кислых» и «градиента основных белков», выделены из них трипсиноподобные протеиназы, а также указаны зоны локализации Арг-Х процессинга в супрагетерополимерной организации, пространственно-временных фаз роста популяции клеток жизненного цикла E. Coli.Ключевые слова: Escherichia coli, супраструктуры, аргинин, протеолиз.

Загрузить

Список использованной литературы:

1. Bridged filaments of histone-like nucleoid structuring protein pause RNA polymerase and aid termination in bacteria / M.V. Kotlajich et al. // eLife. — 2015. — 4:e04970. DOI: 10.7554/eLife.04970.

2. NusE:NusG complex links transcription and translation / B.M. Burmann et al. // Science. — 2010. — V. 328. — P. 501–504.

3. Bakshi, S. The spatial biology of transcription and translation in rapidly growing Escherichia coli / S. Bakshi, H. Choi, J.C. Weisshaar // Frontiers in Microbiology. — 2015. — Doi: 10.3389/fmicb.2015.00636.

4. Segregation of chromosome arms in growing and non-growing Escherichia coli cells / C.L. Woldringh et al. // Frontiers in Microbiology. — 2015. — V. 6. — Doi: 10.3389/fmicb.2015.00448.

5. Thanbichler, M. The Bacterial Nucleoid: A Highly Organized and Dynamic Structure / M. Thanbichler, S.C. Wang, L. Shapiro // Journal of Cellular Biochemistry. — 2005. — V. 96. — P. 506–521.

6. Том, Р. Структурная устойчивость морфогенеза / Р. Том. — M.: Логос, 2002. — 280 с.

7. Хохлов, А.Р. Умные полимеры (лекция 1) [Электронный ресурс] / А.Р. Хохлов. — 2011. Режим доступа: www.vesti.ru/videos.2vid=3282548cid=1.

8. Прозоров, А.А. Геном бактерий: нуклеоид, хромосома, нуклеоидная карта / А.А. Прозоров// Микробиология. — 1998. — Т. 67. — №4. — С. 437–451.

9. Лен, З-М. Супрамолекулярная химия: Концепции и перспективы: пер. с англ. / З-М. Лен. — Новосибирск: Наука, 1998. — 334 с.

10. Purohit, J.S. Histone Proteases: The tale of tail clippers / J.S. Purohit, M.M. Chaturvedi, P. Panda // Int. J. Int sci. Inn. Tech. Sec. B. — 2012. — V. 1. — №1. — P. 51–60.

11. Иванова, Э.А. Способ получения фракций из клеток E. coli, обладающих протеолитической активностью / Э.А. Иванова, Г.Х. Вафина, Т.С. Тропынина // Патент №2410428. МПК С12N 9/16; C12P 1/04. Опубл. 27.01.2011. Бюл. №3.

12. Иванова, Э.А. Способ препаративного выделения основных белков из надмолекулярных структур растущей популяции Escherichia coli / Э.А. Иванова, Г.Х. Вафина, Т.С. Тропынина // Патент №2471873. 2013 a.

13. Иванова, Э.А. Способ определения гексоз в супрамолекулярных структурах клеток Escherichia coli / Э.А. Иванова, Г.Х. Вафина, Т.С. Тропынина // Патент №2510846. МПК С12Q 1/06; G01N 30/34; C12R 1/19. Опубл. 10.04.2014. Бюл. №10.

14. Иванова, Э.А. Способ анализа процесса Arg-X протеолиза в положительно заряженных фракциях белков супрамолекулярных структур в растущей популяции Escherichia coli / Э.А. Иванова, Г.Х. Вафина, Т.С. Тропынина // Патент №2480523. 2013 b.

15. Хмель, И.А. Регуляция экспрессии бактериальных генов в отсутствие активного роста клеток / И.А. Хмель // Генетика. — 2005. — Т. 41. — №9. –С. 1183–1202.

16. Ishihama, A. Functional modulation of Escherichia coli RNA polymerase / A. Ishihama // Annu. Rev. Microbiol. — 2000. — V. 54. — P. 499–518.

17. Особенности организации ремоделирования геномов в условиях факторов экспериментальной эволюции организмов / Р.С. Иванов и др. // Известия Уфимского научного центра РАН. — 2011. — №2. –С. 36–42.

18. High Throughput Screen for Escherichia coli Twin Arginine Translocation (Tat) Inhibitors / U.K. Bageshwar et al. // PLOS ONE. — 2016. — DOI:10.1371/journal.pone.0149659.

19. DNA recognition by Escherichia coli CbpA protein requires a conserved arginine-minor-groove interaction / K. Chintakayala et al. // Nucleic Acids Res. — 2015. — V. 43. — №4. — P. 2282–92. — Doi: 10.1093/nar/gkv012.

20. Гельфанд, М.С. Эволюция регуляторных систем / М.С. Гельфанд // Материалы докладов V съезда биофизиков России. — Ростов-на-Дону: Издательство Южного федерального университета. — 2015. — Т. 1. — 389 с. — С. 19.

О статье

Авторы: Тропынина Т.С., Иванова Э.А., Вафина Г.Х., Иванов Р.С.

Год: 2016

Главный редактор

Сергей Александрович
МИРОШНИКОВ

© Электронное периодическое издание: ВЕСТНИК ОГУ on-line (VESTNIK OSU on-line), ISSN on-line 1814-6465
Зарегистрировано в Федеральной службе по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций
Свидетельство о регистрации СМИ: Эл № ФС77-37678 от 29 сентября 2009 г.
Учредитель: Оренбургский государственный университет (ОГУ)
Главный редактор: С.А. Мирошников
Адрес редакции: 460018, г. Оренбург, проспект Победы, д. 13, к. 2335
Тел./факс: (3532)37-27-78 E-mail: vestnik@mail.osu.ru